Rządowym Centrum Legislacji kieruje Prezes przy pomocy wiceprezesów.
Szczegółowy zakres zadań i tryb pracy poszczególnych komórek organizacyjnych określa regulamin organizacyjny RCL, według którego w skład Rządowego Centrum Legislacji wchodzą:
- Departament Prawa Administracyjnego;
- Departament Prawa Gospodarczego i Finansowego;
- Departament Prawa Społecznego;
- Departament Prawa Środowiska i Infrastruktury;
- Departament Prawny i Kształcenia;
- Departament Dzienników Urzędowych i Tekstów Jednolitych;
- Departament Informatyzacji i Systemów Informacji o Prawie;
- Biuro Dyrektora Generalnego.